Des réunions régulières de dialogue social se tiennent entre le secrétariat général et les deux organisations syndicales représentatives. Par principe, chacune d'entre elles choisit le thème principal des échanges, l'autre ajoutant un thème secondaire.
Les thèmes choisis comme thèmes principaux par le SJA dans les dernières années ont porté en 2023 sur les mutations et affectations, en 2024 sur le bien-être au travail et la charge de travail et le décrochage statutaire, en 2025 sur les attaques contre la justice administrative.